Quá trình thành lập huyện và những thay đổi địa giới, tên gọi qua các thời kỳ:

Quỳnh Nhai được biết đến là địa bàncó con người cư trú sớm, thời Hùng Vương thuộc bộ Tân Hưng, thời Lý thuộc lộ ĐàGiang, thời Trần thuộc châu Ninh Viễn, thời Lê thuộc trấn Gia Hưng, khoảng giữathể kỷ XV, châu Quỳnh Nhai thuộc phủ An Tây, đến triều Nguyễn thuộc tỉnh HưngHóa.

Sau cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp, ngày 29 -4 - 1955, Trung ương Đảng thành lập Khu Tự trị Thái - Mèo (không có cấptỉnh),  Quỳnh Nhai là một châu trực thuộcKhu. Trải qua quá trình phát triển đến năm 1962, Khutự trị Thái – Mèo được đổi tên thành khu tự trị Tây Bắc, lập lại 3 tỉnh trựcthuộc khu là Sơn La, Nghĩa Lộ và Lai Châu, Quỳnh Nhai là một châu thuộc tỉnhSơn La.

Từ năm 2006 đến năm 2010, thực hiện chủ trương củaĐảng và Nhà nước về khởi công công trình nhà máy thủy điện Sơn La - nhà máythủy điện có công suất lớn nhất Đông Nam Á,Quỳnh Nhai là một trong 3 huyện của tỉnh Sơn La phải di chuyển dân ra khỏi vùnghồ thủyđiện. Huyện đã xây dựng 10 khu tái định cư với 84 điểm TĐC tập trungnông thôn và xen ghép, 12 điểm TĐC đo thị cho các hộ tái định cư. Năm 2009,Quỳnh Nhai chuyển khu trung tâm huyện lỵ từ xã Mường Chiên đến Phiêng Lanh xã MườngGiàng trên trục đấu nối quốc lộ 279 với tỉnh lộ 107 (Sơn La) nay là quốc lộ 6B,cách huyện lỵ cũ (nay thuộc phần lòng hồ thủy điện Sơn La) khoảng 30 km vềphía hạ lưu sông Đà, cách thành phố Sơn La 62 km về hướng Bắc. Đồng thời, huyện cũng di chuyển9 xã, 99 bản và 8.435 hộ dân, gần 40.000 nhân khẩu đến địa điểm mới.